Nobita membawa pulang pohon yang ia temukan di hutan, ternyata pohon tersebut hidup dan ia memberi nama Ki-bo. Nobita dan Doraemon mengajak Ki-bo bermain dengan Shizuka, Suneo, dan Gian. Saat mereka main di hutan bukit tempat Ki-bo ditemukan, mereka dibawa dan diculik oleh pesawat alien ke sebuah planet yang semua penduduknya berbentuk manusia setengah tanaman.